La Stagione Armonica viene fondata nel 1991 dai madrigalisti del Centro di Musica Antica di Padova, del quale hanno costituito il nucleo fondamentale dal 1981.
Nei successivi 10 anni l’Ensemble, si è specializzato nel repertorio rinascimentale e barocco, ha lavorato con musicisti quali:
Andrea Von Ramm, Anthony Rooley, Nigel Rogers, Jordi Savall, Peter Maag, Gianandrea Gavazzeni, Gustav Leonhardt, Andrea Marcon, 
Ottavio Dantone, Reinhard Göbel, Howard Shelley, e con orchestre e gruppi strumentali  tra cui "Hesperion XX", Orchestra di Padova e del Veneto, Il Giardino Armonico, Accademia Bizantina, Orchestra Barocca di Venezia.
Ha partecipato ai più importanti festival e rassegne in Italia e all'estero (Musica e Poesia a San Maurizio a Milano, Settembre Musica a Torino, Festival Abbaye d'Ambronnay, York Early Music Festival, Festival delle Fiandre, Festival Europäische Kirchenmusik). Ha tenuto concerti in Svizzera, Germania, Francia, Portogallo, Austria, Spagna, Gran Bretagna, Belgio e Olanda e collaborato con enti ed associazioni quali il Teatro La Fenice di Venezia, l'Ente Lirico Arena di Verona, l'Unione Musicale di Torino, la Schola Cantorum Basiliensis.
Collabora alle produzioni dell’Accademia Bizantina diretta da Ottavio Dantone e della Venice Baroque Orchestra diretta da Andrea Marcon con il quale, nel 2004, ha inciso per la Deutsche Grammophon. Ha registrato anche per la RAI e per le radio e televisioni tedesca, svizzera, francese, belga ed ha inciso per Astrée, Tactus, Denon, Argo-Decca, Rivo Alto, Arabesque, Symphonia, Bongiovanni, CPO, Archiv e per a rivista Amadeus.
Tra le produzioni recenti la Messa in Si minore e l’Oratorio di Natale di J.S. Bach con la direzione di Reinhard Göbel, la Missa Solemnis di Ludwig Van Beethoven in collaborazione con l’Orchestra di Padova e del Veneto diretta da Szolt Hamar. Nel 2005, nella formazione madrigalistica, è stata invitata al Concorso Polifonico Internazionale di Arezzo dove ha eseguito l’Anfiparnaso di Orazio Vecchi.
Oltre che del proprio gruppo vocale e strumentale, La Stagione Armonica si avvale della collaborazione di cantanti solisti e strumentisti tra i più rinomati specialisti del repertorio barocco. Dal 1996, è diretta e preparata da Sergio Balestracci che ne ha assunto la direzione artistica. Dal 1997, La S.A. ha intrapreso lo studio e la pratica del canto Gregoriano, fondando la Schola Gregoriana de La Stagione Armonica.
Il repertorio sacro dell'Associazione include musiche di J.S. Bach, A. Vivaldi, W.A. Mozart, F.J. Haydn, G.F. Händel, C. Monteverdi, H. Schütz, T.L. da Victoria, D. Scarlatti, A. Scarlatti, C. Gesualdo da Venosa, E. de' Cavalieri, A. Caldara, F. Cavalli, G. Gabrieli, C. de Morales, G.P. da Palestrina, G. Rossini, A. Stradella, F. Liszt, F. Schubert e J. Brahms mentre il repertorio profano comprende musiche di H. Purcell, C. Monteverdi, A. Banchieri, O. di Lasso, M. Flecha, L. Marenzio e O. Vecchi.